Vicina alle Logge del Papa è la chiesa di San Martino, elevata nel 1537 da Giovan Battista Pelori e distinta dall'imponente facciata manierista, dovuta al ticinese Giovanni Fontana, attivo a Roma, che la disegnò nel 1613.
L'interno, ad unica navata a croce latina, oltre che dalla cupola affrescata dal pittore barocco Annibale Mazzuoli, è arricchito, sulla parete destra al secondo altare, da una Crocifissione del noto pittore seicentesco bolognese Guido Reni; qui fa seguito, al terzo altare, il martirio di San Bartolomeo, eseguito da un altro caposcuola del Seicento emiliano, Gianfrancesco Barbieri, detto il Guercino.